為了應對新型基礎設施的建設以及潛在的恐怖襲擊的威脅，灣岸署決定遷入安裝了高級安保系統的新棟，而主持搬遷工作的則是業已升為刑事課強行犯系系長的青島俊作（織田裕二 飾）。隨著青島一聲令下，全署上下一起行動，此前雖有周密部署，但是難免亂作一團。在此期間，灣岸署轄區內發生了數起奇怪的搶劫案，更令警方汗顏的是，青島、恩田堇（深津絵里 飾）、王明才（滝藤賢一 飾）的配槍竟在搬遷過程中被人盜出。不久，有人持用他們的配槍無差別殺人，頓令灣岸署陷入最大的危機之中。在此之后，恐怖分子控制了新灣岸署的安保系統，并要求釋放包括日向真奈美（小泉今日子 飾）在內的數名重刑犯。青島該如何面對這次史無前例的大挑戰呢？本片為同名電視劇的第3部劇場版。