京平是日本一個名為“SEEK”的秘密非政府間諜組織的刺客，他的女友在一場悲慘的空難中喪生，他正沉浸在失去愛人的悲痛之中。此時，“SEEK”的領導人三云亮聯系他，委托他執行一項緊急任務：營救一名同事，找回一種名為“RDX@”的新型高爆炸性液體，并阻止殘暴的黑道頭目小月惣治郎及其團伙控制日本。雖然人們一度認為忍者已經消失……但新一代的刺客依然存在，他們守護著日本和一切正義；忍者即將回歸。