卡勒姆·林奇（邁克爾·法斯賓德 飾）在死刑即將執(zhí)行之前清醒過來，發(fā)現(xiàn)他被索菲婭（瑪麗昂·歌迪亞 飾）選中，來參加一個(gè)能讓人類擺脫暴力沖動(dòng)的計(jì)劃。虛擬現(xiàn)實(shí)機(jī)器Animus能讓用戶體驗(yàn)祖先的記憶，被綁在機(jī)器上之后，卡勒姆·林奇意識(shí)到他是生活在西班牙宗教法庭時(shí)期一位刺客阿圭拉的后裔，他們尋找的是可以控制自由意志的伊甸園蘋果。索菲婭在父親艾倫（杰瑞米·艾恩斯 飾）施加的壓力下不情愿地操縱著卡勒姆·林奇回到過去尋找伊甸園蘋果在現(xiàn)代世界的下落，威脅著他身體和心理的健康。但在殺手同行穆薩（邁克爾·威廉姆斯 飾）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾倫有可能動(dòng)機(jī)不純之后，卡勒姆·林奇開始重新考慮他的行為和動(dòng)機(jī)，而人類自由意志的命運(yùn)也變得懸而未決………