本片是以地球人與瓦肯人的“第一類接觸”事件為背景，將重心放在《星際迷航之下一代》電視系列劇中的大敵『博格人』。企業號正在宇宙空間做例行巡航時，艦長皮卡特接到密電，稱博格人已聯合其他星系的力量，準備向地球發起攻擊。由于艦長皮卡特曾受敵方俘虜并同化，星際艦隊對其不很信任，故沒有派其出戰。皮卡特不顧命令，仍然參與戰斗，之后企業號跟隨博格人的時間漩渦回到21世紀，以阻擋博格人試圖改變人類的外星發展史達到征服地球的企圖。