在與戈魯戈姆戰斗后半年，本應取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝國打破。克萊西斯帝國的杰克將軍想拉攏南光太郎作為部下，但光太郎不答應，于是杰克將軍便將其變身機能破壞。　　變身機能破壞的情況下，光太郎被扔往宇宙。在即將變為宇宙塵埃的時候，光太郎被神秘的太陽光線照射，其體內的帝王石亦產生了變化，光太郎也因此變成了新生的光之王子·“太陽之子”假面騎士BLACK RX，并展開了與克萊西斯帝國的戰斗。