五河士道只是一名普通的高校二年生，然而在四月十日，隨著一場奇怪的大爆炸（空間震），意外的與一名身穿盔甲手持大劍的神秘少女相遇。這名少女的正是所謂的“精靈”，是會給世界帶來災難的存在，因此這名少女也正遭到對“精靈部隊·AST”的攻擊。于是，有著會去幫助有困難、有悲傷的人的溫柔性格的士道，主動提出要與精靈進行交涉的任務，隨后，士道發現了自己擁有的特殊體質，那就是可以通過接吻，來封印（吸收）精靈力量的能力，并且將精靈受到致命傷恢復再生的能力。