被稱為木星蜥蜴的神秘敵人第一次襲擊地球是在2195年，面對擁有壓倒性力量的敵人，地球軍束手無策，火星連同殖民地一起落入敵人手中。這就是“第一次火星會戰”一年之后，為了奪回火星，民間組織尼魯加路重工以最新的科技造出新型戰艦NADESICO號，召集來的船員包括以年輕的女艦長御統由利加為首，她青梅竹馬的朋友，身兼廚師和機師的天河名人，其他船員雖然各有所長，但人格和來歷都有一點問題。在戰斗變得白熱化之際，一個重大的真相被揭發了，敵人原來是100年前被放逐到木星的地球人子孫。他們想得到能夠令其運用來往行星間的瞬間移動技術，玻色子跳躍的火星遺跡。跟木連的和談以失敗告終，為了爭奪火星的遺跡，NADESICO、木連和尼魯加路的三方混戰開始了，到此為止，是地球跟木連戰斗的歷史，后來，地球和木連結盟，宇宙總算恢復和平，以上是TV版的劇情。