霧隱小學校一年級四年級的學生霧隱小太郎住在寧靜的青空鎮的忍者宅邸里。他是擁有 400 多年歷史的忍者霧隱流派的繼承人。今天，當小太郎試圖偷偷溜出訓練去玩耍時，他與他的父親藤兵衛發生了爭吵。然而，當托比扔出炸彈時，他意外地摧毀了藏有悟空的巨石，悟空是陰謀統治整個宇宙的魔界黑暗之王。復活的悟空亞克試圖將人類世界變成大魔界，但守護地球的光之戰士艾爾德蘭犧牲了自己的生命，重新封印了悟空亞克。然而，悟空卻抓住了被封印前的空隙，將黑暗魔導士亞米諾留斯三世送到了人類世界。在放學回家的路上，小太郎和他的朋友風祭貴介和流崎力也偶然遇到了巨型機器人 Ganbaruger。在艾爾多蘭的請求下，三人成為了“奇跡忍者鋼巴隊”，身穿鋼巴套裝并擁有超自然力量的超級英雄。他們被迫與被 Yaminorius 從大魔界召喚來的惡魔生物 Makaiju 戰斗，但他們被 Yaminorius 詛咒，如果他們的真實身份被發現，他們就會變成狗。于是，在被詛咒變成狗的藤兵衛（岡）的幫助下，小太郎和他的朋友們過上了小學生和秘密英雄的雙重生活。據說，霧隱村先祖所寫的記載著魔界秘密的卷軸被附近的豬貓偷走了，其中還記載著如何打破兩大魔王悟空亞克兄弟的封印的信息。在與布塔內科 (Butaneko) 和亞米諾留斯 (Yaminorius) 爭奪卷軸的戰斗結束后，三大魔王 Gokuark、Letharg 和 Saiark 終于復活了……