哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉達(dá)斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亞號(hào)逃離被侵略者伊魯米達(dá)斯占領(lǐng)的地球。隨后，他們被列入全宇宙通緝名單，通緝代號(hào)為 SSX，盡管遭到了 Illumidas 軍隊(duì)的攻擊，他們?nèi)匀慌c包括外星人 La Mime 在內(nèi)的同伴一起繼續(xù)旅程，尋找他們認(rèn)為存在于宇宙某處的烏托邦“阿卡迪亞”。戰(zhàn)斗中，地球男孩物野忠、女孩利威爾和雪螢加入了隊(duì)伍，班博士則擔(dān)任船醫(yī)。另一方面，伊路米達(dá)斯地球占領(lǐng)軍命令年輕的天才科學(xué)家佐恩先生對(duì)阿卡迪亞號(hào)進(jìn)行分析和調(diào)查，以建造一艘超越阿卡迪亞號(hào)的飛船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亞的太空之旅。