哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉達斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亞號逃離被侵略者伊魯米達斯占領的地球。隨后，他們被列入全宇宙通緝名單，通緝代號為 SSX，盡管遭到了 Illumidas 軍隊的攻擊，他們仍然與包括外星人 La Mime 在內的同伴一起繼續旅程，尋找他們認為存在于宇宙某處的烏托邦“阿卡迪亞”。戰斗中，地球男孩物野忠、女孩利威爾和雪螢加入了隊伍，班博士則擔任船醫。另一方面，伊路米達斯地球占領軍命令年輕的天才科學家佐恩先生對阿卡迪亞號進行分析和調查，以建造一艘超越阿卡迪亞號的飛船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亞的太空之旅。