2013年，都市NO.6。這里是一個沒有犯罪，沒有疾病，沒有戰爭，沒有所謂痛苦和怨恨的理想國度。一直這么認為的12歲天才少年紫苑（梶裕貴 配音）和母親住在NO.6的高級住宅區，在一個暴風雨的夜晚邂逅了顛覆他世界觀的人——傷痕累累，有戾氣的少年老鼠（細谷佳正 配音）。對老鼠感到好奇和好感的紫苑不但沒有感到害怕還救了老鼠，結果被認為窩藏嫌疑犯，被剝奪了所有特權，繼而淪為了公園管理員。經歷了這場變故的紫苑對所生存的理想世界產生了懷疑，城市里也頻繁發生恐怖的死人事件。而這些事件和NO.6有著千絲萬縷的聯系，愈發困惑的紫苑不知自己已處在生死邊緣，在關鍵時刻，被四年不見的老鼠所救，來到了NO.6外圈的貧民區。在這里，紫苑逐漸認識到了NO.6的真相，而危險遠沒有離開他們……