曾幾何時(shí)，神秘生物奇居子入侵太陽(yáng)系，致使人類(lèi)流離失所，只能乘坐行星般大小的巨型飛船希德尼婭流浪在茫茫宇宙中。如是過(guò)了漫長(zhǎng)的一千年，而今希德尼婭的居民們已有一百年未曾遭遇奇居子，不過(guò)他們從未放松警惕，培養(yǎng)了一代又一代操縱人形兵器“衛(wèi)人”的駕駛員。某天，居住在地下的青年谷風(fēng)長(zhǎng)道（逢坂良太 配音）迫于饑餓爬到地面，偷米后被人抓住，后在艦長(zhǎng)（大原沙耶香 配音）的授意下成為衛(wèi)人駕駛員第628期的訓(xùn)練生，在這里他見(jiàn)到了有過(guò)一面之緣的善良女孩星白閑（洲崎綾 配音）、友好的第三性人科戶(hù)瀨伊扎那（豐崎愛(ài)生 配音）以及高傲剛愎的岐神海苔夫（櫻井孝宏 配音）等人。未幾，少年們外出執(zhí)行采集任務(wù)，甚至卻遭逢百年不見(jiàn)的奇居子。沉寂已久的宇宙戰(zhàn)爭(zhēng)再度拉開(kāi)帷幕……