將施奈德回老家之后，四只原本親如兄弟的神龜由于沒有了敵人，于是不再想以往一樣一起戰斗，而是各自在喜歡的領域內鉆研，以往一起行動的忍者神龜們變成了四個獨來獨往的“獨行俠”！　　這時，紐約市中發生一連竄的怪事。原來實業家馬克西米林安?J?威特斯意圖征服紐約市，秘密培養了一支遠古怪獸組成的軍隊，加上惡名昭彰的忍者組織Foot Clan，各種黑暗勢力又在城市的角落里蠢蠢欲動！　　神龜們又處于備戰狀態了！他們再次聯合起來，準備向黑暗勢力出擊！